Sejarah Desa
Sebelum tahun 1943 ada 2 desa yaitu :
1. Desa Padan dengan kepala desa Harjo Diwiryo yang bertempet tinggal di dusun Keji.
2. Desa Jomboran dengan kepala desa Rekso Diwiryo yang bertempat tinggal di dusun Jomboran. Pada tahun 1943 atau masa penjajahan Jepang, dikarenakan kedua Kepala Desa tersebut saudara, sehingga atas petunjuk dari Pemerintah pada waktu itu Desa Padan dan Desa Jomboran di Jadikan Satu, kemudian pada tahun 1943 mengadakan Pemilihan Kepala Desa dan Calonnya adalah Harjo Diwiryo bertempat tinggal di dusun Keji melawan Rekso Diwiryo yang bertempat tinggal di dusun Jomboran, pemilihan tersebut dimenangkan oleh Calon Harjo Diwiryo yang bertempat tinggal di Dusun Keji.
Dikarenakan semenjak dijadikan satu dan Kepala Desanya bertempat tinggal di Dusun Keji, maka semenjak itu atau tahun 1943 di beri nama DESA KEJI.
Peristiwa-peristiawa penting yang pernah terjadi setelah tahun 1943 antara lain :
Selama revolusi fisik antara tahun 1945 s.d 1949 Pemerintah Kabupaten Magelang Berpindah-Pindah salah satunya berada di Dusun Keniten, Desa Keji Kecamatan Muntilan. Bupati Magelang saat itu dijabat oleh R. Yudodibroto, sarana yang ikut dibawa pindah adalah mesin TIK yang waktu itu bermerek Remington beserta berkas-berkas arsip lainnya.
Pada tahun 1949 di Dusun Keniten ditemukan sebuah Granat Genggam, granat tersebut diketahui oleh salah satu mata-mata Belanda sehingga oleh mata-mata Belanda tersebut disarankan untuk dibuka. Proses pembukaan granat tersebut disaksikan oleh tentara Indonesia dan warga setempat, sehingga terjadi ledakan yang menewaskan 5 tentara Indonesia dan 1 warga serta menderita luka-luka berjumlah 18 orang.
Pada tahun 1982, Dusun Keniten yang kini meliputi Sidikan, Kriyan dan Keniten dengan kepala Dusun Keniten dipecah menjadi 2 kepala dusun yaitu Dusun Sidikan dengan Kepala Dusun Bapak Surat Martono (kini Sidikan dan Kriyan sebelah timur Jalan) serta Dusun Keniten dengan Kepala Dusun Sis Tukijo (kini Kriyan sebelah Barat Jalan dan Keniten). Pada tahun 1989 desa Keji mendapat kunjungan dari Ibu Wakil Presiden Amerika Serikat, dengan maksud berwisata.
Kepemimpinan Desa Keji atau Kepala Desa Keji meliputi :
1. Kepala Desa Keji Pertama dijabat oleh Harjo Diwiryo periode 1943 s.d 1975
2. Kepala desa Keji Kedua dijabat oleh Harjono Periode 1976 s.d 1989
3. Kepala desa Keji Ketiga dijabat oleh Sumarmi Periode 1990 s.d 1999
4. Kepala desa Keji Keempat dijabat oleh Sundarto periode 1999 s.d 2007, dikarenakan sakit dan meninggal dunia pada tahun 2003, kemudian melaksanakan pemilihan kepala desa pada tahun 2003.
5. Kepala Desa Keji ke Lima dijabat oleh Sudarno Periode 2004 s.d 2014, dan tahun 2013 mengadakan pemilihan kepalan desa dan dimenangkan oleh :
6. Kepala Desa ke Enam dijabat oleh Siti Rahayuningsih Periode 2014 s.d 2020 dan tahun 2019 mengadakan pemilihan kepalan desa dan dimenangkan oleh
7. Kepala desa Keji ke Tujuh dijabat oleh Siti Rahayuningsih Periode 2020- 2026
Demikian sekelumit sejarah Desa Keji maupun peristiwa-peristiwa penting yang pernah terjadi di Desa Keji Kecamatan Muntilan Kabupaten Magelang.